SMP Cokroaminoto berjalan kurang lebih satu tahun, karena orang Nahdatul Ulama ingin menggantinya dan menganggap nama SMP Cokroaminoto adalah netral, mereka menginginkan nama sekolah beridentitas dan berstatus Islam, akhirnya nama SMP Cokroaminoto berubah menjadi PGA PUI pada tahun 1963.

            Perubahan nama seperti itu merupakan tradisi bagi lembaga pendidikan di Desa Darma, tahun 1965 PGA PUI berubah nama menjadi PGA 4 tahun, dan tempat belajar pindah ke Madrasah Ibtidaiyah, tahun 1972 berubah menjadi MTsAI dan tahun 1973 hingga tahun 1975 berubah kembali menjadi PGA 4 tahun.

            Setelah pemerintah memberlakukan SKB tiga Mentri yang menyatukan status Sekolah Agama dengan Sekolah Umum, maka PGA 4 tahun berubah menjadi Madrasah Tsanawiyah yang berstatus swasta bersubsidi (bantuan guru), sehingga keadaan belajar mengajar teratur.

            Pada awal berdirinya, guru, murid, cara belajar mengajar tidak teratur, maka setelah resmi menjadi Madrasah Tsanawiah menjadi maju, pada tahun 1980 Madrasah Tsanawiyah Darma telah mampu membangun empat lokal ruang belajar, satu ruang Tata Usaha dan satu ruang Kepala Sekolah, bahkan setiap tahun terus membangun hingga sekarang sudah mempunyai gedung permanent.

            Walaupun demikian untuk mengimbangi kemauan bidang pendidikan, Kepala Madrasah mempunyai tujuan untuk merubah status menjadi negeri, maka tanggal 4 Pebruari 1985 diadakan musyawarah antara pihak sekolah dengan BP3 dan pendiri madrasah, pada tahun 1986 berdasarkan SK No. 23/E/1986 Madrasah Tsanawiyah Darma menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri Filial Darma.